今回のＳＬＧパートは、各ヒロインの能力が大きく関係しています。ヒロイン達はアンドロイドであるため、プログラムスキルをセットし、その効果を自らの部隊全体に行き渡らせることができます。

これにより、ユニットの編成は同じでも、プログラムスキルによって全く戦闘力の違う部隊を作り出すことが可能になりました。

プログラムスキルには、ヒロイン達の人格に影響を与えてしまうプログラムも組み込まれています。

たとえば、攻撃力が高まるスキルをセットしていると、ヒロインの人格も攻撃的になる、等です。

各ヒロインの人格は複数方向に変化するため、強力なスキルをセットして戦闘に勝利するだけでは、全ての物語を見ることはできません。

今回は、兵器の種類が増えたばかりでなく、ユニットの乗り換えができるようになりました。

戦闘結果に応じて与えられる作戦ポイントを使用し、強力なユニットを購入。自分だけの部隊を編成することができます。

ＳＬＧパートの戦闘マップは、ユーザーが出撃画面から任意に選択することが可能。
マップによって難易度も変わるため、初心者は簡単なマップから、逆に上級者はいきなり攻略が困難なマップから挑むこともできます。
攻略順によって展開が変化することもあるため、楽な道のりばかりでは全ての要素を楽しむことはできません。

また、各マップには普通にクリアする以外に、特定の条件を満たすことで戦闘後の報酬が変化するサブミッションがあります。
物語の進行等には影響はありませんが、このサブミッションをクリアしておくことで、結果的により強力な部隊を作ることができます。

ゲームをクリアしても、スキル等の情報を２回目以降のプレイに引き継ぐことができます。

エンディングを迎えれば迎えるほど、強力な部隊を編成して圧倒的な戦力差でＳＬＧパートを終えることも可能となります。